Que sait-on du sous-variant BA.2 ? « Probablement plus transmissible qu’Omicron », avertit Arnaud Fontanet

Nouveau variant, nouveau sujet de préoccupation. Les modifications génétiques du virus SARS-CoV2, à l’origine du covid-19, rythment désormais les évolutions de la pandémie. Et après l’inquiétude soulevée par le variant Omicron, qui a provoqué des records de contaminations quotidiennes dans de nombreux pays, dont la France, c’est au tour du sous-variant BA.2, issu de la même souche qu’Omicron, de soulever les interrogations de la communauté scientifique. Mercredi, le sujet s’est rapidement invité dans les discussions, au Sénat, de la mission d’information sur l’adéquation du passe vaccinal à l’évolution de l’épidémie de covid-19, alors que ses membres auditionnaient Arnaud Fontanet, épidémiologiste à l’institut Pasteur et membre du Conseil scientifique. « Le variant BA.2 est probablement plus transmissible qu’Omicron. On n’a pas d’argument pour dire s’il est plus sévère. Mais le fait qu’il soit plus transmissible va amener à terme un nombre plus élevé de personnes infectées et donc hospitalisées », a expliqué ce scientifique.

« Le sous-variant BA.2 aura un impact, même s’il circule encore très peu sur le territoire. Mais on le voit en Nouvelle-Aquitaine dans des proportions qui ne sont pas négligeables », avertit Arnaud Fontanet, qui relève une augmentation des prévalences chez plusieurs de nos voisins européens, dont la Grande-Bretagne. « En revanche, il y a une protection croisée entre Omicron et BA.2 qui nous laisse espérer que nous n’aurons pas une nouvelle vague liée à BA.2 », veut-il rassurer.

« BA.2 pourrait rendre la diminution du pic épidémique moins rapide »

Pas de sixième vague donc, du moins qui soit spécifiquement liée à BA.2, mais des répercussions probables sur la vague en cours, dont cette mutation risque fort de freiner la décrue, à peine amorcée. « On est encore sur une période très fragile de diminution du pic. On a toutes les raisons d’espérer que cette diminution se poursuive en février. En revanche, BA.2 pourrait rendre cette diminution moins rapide, mais pas, je l’espère, l’inverser ». La France a encore enregistré au cours des dernières 24 heures 416 896 nouvelles contaminations. Au 1^er février, 31 566 personnes étaient hospitalisées pour une infection liée au covid-19, dont 3 684 dans une unité de soins intensifs.

« Une étude danoise publiée il y a deux jours estime que BA.2 est jusqu’à plus de 30 % plus contagieux que BA.1 (c’est-à-dire le variant Omicron, ndlr) et qu’il pourrait avoir des capacités d’échappement immunitaire », ajoute Vittoria Colizza, épidémiologiste et directrice de recherches à l’Inserm, qui était également entendue ce mercredi par les sénateurs. Publié par le Staten Serum Institut, l’autorité danoise de contrôle des maladies infectieuses, cette étude porte sur plus de 8 500 foyers où des cas de covid-19 ont été détectés entre le 20 décembre et le 18 janvier. Elle montre notamment que le sous-variant BA.2 y est majoritaire, et semble se transmettre plus facilement qu’Omicron, même chez les personnes vaccinées.

Après la vague Omicron, une sortie de l’épidémie ?

Cette situation vient confirmer, une fois de plus, le caractère difficilement prédictible de l’épidémie, en raison des capacités d’adaptation du virus. « On ne peut jamais exclure de nouveaux variants », rappelle Simon Cauchemez, chercheur spécialiste en modélisations, qui était lui aussi auditionné par les élus de la Chambre Haute. De ce point de vue, « Omicron était vraiment un extraterrestre ». « On peut espérer que toutes les infections qu’il y a eues avec Omicron protègent, au moins partiellement, contre ces nouveaux variants », veut-il croire. « On peut, je pense, être optimistes sur le devenir de l’épidémie. »

L’absence d’outils efficaces pour mesurer les effets réels du passe vaccinal

La situation amène toutefois les élus à s’interroger sur la pertinence du passe vaccinal - entré en application le 24 janvier -, contre une épidémie qui a déjà changé de visage entre le moment où la mesure a été décidée, et celui où elle est devenue effective. « Le passe vaccinal a été décidé face au variant Delta, est-il pertinent dans une sixième vague, avec un variant différent ? », a notamment interrogé la sénatrice LR Chantal Deseyne. Devant les sénateurs, les scientifiques reconnaissent manquer d’informations pour apporter une réponse claire à cette réponse.

Arnaud Fontanet en veut pour preuve le peu d’éléments dont nous disposons sur les effets du passe sanitaire, devenu obligatoire le 9 août pour accéder à certains lieux. « L’évaluation des effets du passe sanitaire est difficile, car la vague épidémique du variant Delta était déjà en récession lorsqu’il a été introduit », relève l’épidémiologiste. À cela s’ajoute un contexte estival - et notamment météorologique – naturellement propice au ralentissement de la circulation du virus, en raison, notamment, de la multiplication des activités en extérieur. « En novembre, on a observé une augmentation des risques dans les bars et les trains, mais jamais dans les restaurants. Est-ce que les mesures de protection y étaient mieux appliquées ou le passe sanitaire a-t-il eu un effet ? Je ne peux pas vous le dire ».

Pour l’heure, seule l’étude Comcor, lancée en octobre 2020 par l’Institut Pasteur, et qui consiste en un questionnaire envoyé via l’Assurance maladie à un panel de personnes infectées, permet de recueillir des données sociodémographiques sur les lieux de transmissions et les comportements à risque. Mais avec un niveau de précision relativement limité. « L’évaluation du passe vaccinal va se heurter aux mêmes difficultés que l’évaluation du passe sanitaire, au sens où les mesures prises ne sont jamais isolées, il y a toujours d’autres mesures de restriction en parallèle », observe Arnaud Fontanet. « Si on ne trouve pas d’augmentation du risque dans les lieux de transmission, pourra-t-on dire que c’est à cause du passe vaccinal ou d’autres mesures ? J’en reviens à l’importance fondamentale de l’aération, à la distanciation, à ces comportements que les gens ont peut-être un peu changés… Nous ne serons pas en mesure de faire cette distinction. Il y a toujours des limites sur ce que l’on peut évaluer quant aux lieux de transmission. »

« La vaccination reste fondamentale, y compris en ce qui concerne la transmission »

En revanche, Arnaud Fontanet pointe les effets que le passe a pu avoir sur l’incitation vaccinale. « L’examen des courbes à l’œil nu le laisse supposer. » Il évoque notamment l’étude réalisée par le mathématicien Miquel Oliu-Barton, et les économistes Bary Pradelski et Nicolas Woloszko, publiée le 18 janvier, et qui fait état d’une hausse de 13 points du taux de vaccination en France grâce au passe sanitaire. Selon les calculs de ces chercheurs, ce chiffre représente aussi 32 000 hospitalisations en moins et 4 000 décès évités. « La vaccination reste fondamentale, y compris en ce qui concerne la transmission. C’est vrai que vacciné on peut être infecté par Omicron, mais à six mois de votre deuxième dose, vous n’avez plus de protection contre Omicron. Avec la dose de rappel vous avez une diminution de 70 % du risque d’infection », martèle Arnaud Fontanet.