Santé : un rapport de la Cour des comptes pointe un manque de connaissance de la situation vaccinale des Français

Depuis un amphithéâtre de l’hôpital Necker à Paris, la première présidente de la Cour des comptes, Amélie de Montchalin, a mis en avant la « nouveauté » instaurée par la juridiction financière cette année : « Présenter un rapport dans un lieu qui est lié au sujet dont il parle ».

Le rapport en question porte sur l’état de la vaccination en France depuis 2018, date à laquelle des modifications importantes de la stratégie ont été introduites, comme l’extension des obligations vaccinales des enfants avant l’entrée en collectivité ou encore l’élargissement du champ des professionnels de santé habilités à vacciner. Précision importante, le rapport ne porte pas sur les politiques de vaccination de crise, comme celles que le pays a connues lors de la crise sanitaire de 2020.

La politique de vaccination « peu chère »

Au passage, fraichement désignée à la Cour des comptes, suite à un choix du chef de l’État contesté par les oppositions, l’ancienne ministre des Comptes publics a profité de la rentrée et d’un examen du budget qui s’annonce périlleux pour l’exécutif, pour lancer un message au nom de l’institution qu’elle préside : « Nous pouvons allier la puissance publique à son efficacité, et au fond, faire du bien par la prévention, tant à la santé des Français qu’aux finances publiques ».

La politique de vaccination a représenté une dépense de 1,4 milliard d’euros en 2024, dont près de la moitié est constituée des remboursements de vaccins par l’assurance maladie (617 millions). Cette dernière dépense a augmenté de près de 70 % entre 2018 et 2024, essentiellement sous l’effet d’un recours accru à des vaccins plus coûteux. Malgré cela, la politique de vaccination est qualifiée de « peu chère » par rapport au budget de l’Ondam (l’objectif national de dépenses d’assurance maladie).

Cette politique de santé publique axée sur la prévention représente de surcroit « un intérêt économique manifeste », relève la Cour. En 2017-2018, la politique de vaccination contre la grippe a coûté 108 millions d’euros mais aurait réduit les dépenses de soins de 155 millions d’euros selon une étude de la CNAM (caisse nationale d’assurance maladie), sans oublier les 50 millions d’euros d’économies nettes dues à la réduction de l’absentéisme au travail. Et ce, même si le taux de couverture des personnes âgées demeure inférieur à l’objectif de 75 %.

Retard dans le développement du carnet de vaccination électronique

« Les modifications de la politique vaccinale depuis janvier 2018 ont-elles permis de mieux atteindre les objectifs de couverture vaccinale ? ». À cette question, la Cour relève un impact positif suite au passage de trois à 11 obligations vaccinales pour les nourrissons, malgré quelques insuffisances concernant la rougeole. Plus de 870 cas et au moins quatre décès ont été recensés en 2025. « La couverture demeure inférieure au seuil de 95 % nécessaire pour prévenir les épidémies ».

Autre retard principalement identifié dans le rapport : celui du développement du carnet de vaccination électronique, alors « que ce carnet était un objectif ministériel depuis la fin des années 2000 », a rappelé Amélie de Montchalin. « Le fait que nous n’ayons pas chacun, un carnet de vaccination électronique à jour, est un obstacle majeur pour la protection individuelle ».

« L’absence de support unique et accessible du statut vaccinal peut être à l’origine d’une complexité administrative qui conduit à des occasions manquées de vaccination, comme cela s’est produit pour la vaccination contre les HPV dans les collèges, les élèves sans carnet n’ayant souvent pas pu être vaccinés. Le temps consacré à la recherche d’informations ou les vaccinations manquées du fait de carnets oubliés constituent un obstacle au déploiement de la stratégie qui consiste à faire de tout contact avec un professionnel de santé une occasion de vacciner », indique le rapport.

Réduction des inégalités territoriales mais pas des inégalités sociales

Un autre point d’amélioration à réaliser porte sur l’élargissement des lieux de vaccination et des vaccinateurs. Jusqu’en 2019, seuls les médecins et les sages-femmes étaient en mesure de prescrire et d’administrer des vaccins (260 000 personnes). « L’extension vaccinale des compétences des infirmiers et des pharmaciens a accru de près de 640 000 le nombre de vaccinateurs potentiels. En outre, près de 63 000 préparateurs en pharmacie peuvent administrer des vaccins. Le nombre théorique de vaccinateurs a donc pratiquement triplé en quelques années », a calculé la Cour.

Pourtant, c’est essentiellement le réseau pharmaceutique français qui s’est engagé dans l’activité de vaccination contre la grippe. « En revanche, il y a une implication moindre des autres professionnels de santé qui étaient amenés à pouvoir vacciner », a noté Amélie de Montchalin.

En conclusion, la Cour des comptes dresse un bilan contrasté des modifications de la politique vaccinale de 2018. Une politique qui a permis de réduire les inégalités territoriales mais pas les inégalités sociales. En guise d’exemple, en 2022, la couverture contre la grippe des bénéficiaires de la complémentaire santé solidaire était inférieure de 18 points à la moyenne nationale. La vaccination contre les HPV au collège est caractérisée par la persistance d’inégalités de recours au vaccin entre les établissements publics relevant des réseaux d’éducation prioritaire et les autres collèges publics. Si des avancées tangibles ont eu lieu depuis 2018, la Cour recommande une plus grande mobilisation de l’ensemble des professionnels de santé et le déploiement d’un carnet numérique vaccinal complet. « Que chaque contact avec le système de santé soit utilisé pour vérifier cet état vaccinal et proposer un rattrapage », a préconisé Amélie de Montchalin.